種植學說（30%）：最早（1921）有人認為，盆腔子宮內膜異位癥的發生，系子宮內膜碎片隨經血逆流，通過輸卵管進入盆腔而種植于卵巢或盆腔其他部位所致，臨床上在月經期行剖腹探查時可在盆腔中發現經血，且經血中查見子宮內膜，剖宮手術后所形成的腹壁疤痕子宮內膜異位癥，是種植學說的好例證。漿膜學說（25%）：亦名化生學說，認為卵巢及盆腔子宮內膜異位癥系由腹膜的間皮細胞層化生而來，副中腎管是由原始腹膜內陷發育而成，與卵巢的生發上皮，盆腔腹膜，閉鎖的腹膜凹陷，如腹股溝部的腹膜鞘狀突（努克管），直腸陰道隔，臍等，都是由體腔上皮分化而來，凡從體腔上皮發生之組織，均有潛在能力化生成幾乎與子宮內膜不能區分的組織，因而腹膜間皮細胞可能在機械性（包括輸卵管通氣，子宮后位，宮頸阻塞），炎性，異位妊娠等因素刺激下，易發生化生而成異位癥的子宮內膜，卵巢表面的生發上皮因屬原始體腔上皮，更具有分化的潛能，在激素，炎癥的影響下就可分化成胚胎時所能形成的各種組織，包括子宮內膜，卵巢是外在性子宮內膜異位癥中最易累及的部位，用化生學說很易解釋，種植學說不能解釋超越盆腔以外的子宮內膜異位癥的發生原因。免疫學說（25%）：1980年Ｗeed等報道，異位內膜周圍有淋巴細胞，漿細胞浸潤，巨噬細胞內含有鐵血黃素沉著及不同程度的纖維化，他們認為是由于異位內膜病灶做為異物，激活了機體的免疫系統所致，此后，許多學者從細胞免疫，體液免疫等方面探討內異癥的病因及發病機理。不論異位子宮內膜來源如何，其生長均與卵巢內分泌有關，臨床資料可以說明，如此癥多半發生在生育期婦女(30～50歲占80%以上)，且常并發有卵巢功能失調，切除卵巢后，則異位內膜萎縮，異位子宮內膜的生長主要依靠雌激素，妊娠期孕激素分泌較多，異位內膜即受到抑制，長期口服合成孕激素如炔異諾酮，造成假孕，亦可使異位內膜萎縮。