子宮內膜異位癥患者免疫功能異常的原因和結果關系較為復雜。可能是由于子宮內膜細胞的異位種植和生長，引發炎癥反應，導致免疫功能失衡；也可能是免疫功能先出現異常，使得子宮內膜細胞更易異位種植。同時，激素水平變化、遺傳因素、環境因素以及神經內分泌調節異常等也可能參與其中。 1.子宮內膜異位種植：子宮內膜細胞突破子宮腔，在其他部位種植生長，引發炎癥，影響免疫功能。 2.激素水平變化：雌孕激素失衡，影響免疫系統的調節，增加子宮內膜異位癥發生風險。 3.遺傳因素：某些基因的突變或多態性，可能導致免疫調節相關基因異常，易患子宮內膜異位癥。 4.環境因素：長期暴露于有害物質，如化學污染物、輻射等，損害免疫系統，促進疾病發展。 5.神經內分泌調節異常：神經遞質和內分泌激素的紊亂，影響免疫細胞的功能和分布。 總之，子宮內膜異位癥患者免疫功能異常的原因和結果相互交織。明確其機制對于疾病的診斷、治療和預防具有重要意義。

有項大樣本的統計學研究報道：子宮內膜異位癥患者合并有紅斑狼瘡或其他自身免疫性疾病的人數是其他疾病患者人數的2倍。基礎研究的結果也支持子宮內膜異位癥可能為一種自身免疫性疾病的觀點。 另外有種理解是認為婦女免疫功能正常的情況下，月經期經輸卵管逆流入腹腔內膜細胞是被腹腔內巨噬細胞為主的局部免疫系統所滅殺。若局部細胞免疫功能不足或因逆流而至腹腔內的內膜細胞數量過多，免疫細胞不足以滅殺時，即可發生子宮內膜異位癥。故目前認為子宮內膜異位癥患者既可以有體液免疫即B細胞應答反應增強，亦可有細胞免疫即T細胞