子宮內膜異位癥的惡變率相對較低，約為 0.7% - 1%左右。其惡變與多種因素相關，如病程長短、異位內膜的位置、患者年齡、激素水平等。 1.病程長短：病程較長的患者，子宮內膜異位癥惡變的風險可能相對增加。 2.異位內膜的位置：卵巢部位的異位內膜較其他部位更易發生惡變。 3.患者年齡：年齡較大的患者惡變幾率相對偏高。 4.激素水平：體內激素失衡，尤其是雌激素水平過高，可能增加惡變風險。 5.遺傳因素：有相關家族遺傳病史的人群，惡變風險可能稍高。 總之，雖然子宮內膜異位癥惡變率不高，但患者仍需重視，定期復查，以便早期發現異常并及時處理。

中山醫科大學第一附屬醫院隨診了4519例子宮內膜異位癥患者12年，僅1例惡變，浙江醫學院1981年～1999年工收治子宮內膜異位癥患者2479例，惡變151例。占1%。現在國外報道的惡變率是0.7%～1.0%，國內有報道為1.0%～1.5%。長期隨診，惡變的平均時間為8年。事實上，臨床惡變率的確存在一定困難，因為： 　　1) 子宮內膜異位癥的確切發病率尚不確定，缺乏正規的大規模的流行病學調查。 　　2) 病理取材時主要針對惡性部分，可能會遺漏部分子宮內膜異位病灶。 　　3) 惡變的組織快速生長，破壞了原發組織。導致找不到組織學依據的結果。 　　4) 客觀上存在大量未統計在內的保守治療的患者 　　5) 由于病理醫生認識不足，可造成部分病例誤診。 　　所以發病率只能反映某家醫院或某個地區的情況普遍認為實際的發病率可能比報道的要高。