慢性腸炎的發病原因較為復雜，主要包括感染因素、免疫因素、遺傳因素、精神心理因素、飲食因素等。 1.感染因素：細菌、病毒、真菌和寄生蟲等感染腸道，可引發慢性腸炎。例如，沙門氏菌、輪狀病毒、阿米巴原蟲等。 2.免疫因素：當機體的免疫系統異常，錯誤地攻擊腸道組織，會導致腸道炎癥，如潰瘍性結腸炎。 3.遺傳因素：某些基因的突變或遺傳易感性可能增加慢性腸炎的發病風險。 4.精神心理因素：長期的精神緊張、焦慮、壓力過大等，可能影響腸道的神經內分泌功能，誘發慢性腸炎。 5.飲食因素：長期食用辛辣、油膩、刺激性食物，或飲食不規律、暴飲暴食，都可能損傷腸道黏膜，引起慢性腸炎。 了解慢性腸炎的發病原因有助于采取相應的預防措施，如注意飲食衛生、保持良好的心態、規律作息等。如果出現慢性腸炎的癥狀，應及時就醫，進行規范的治療。

病變多由急性腸炎延治或誤治誘致，胃腸粘膜沖血、水腫、滲出、逐漸加重，其表面片狀黃色滲出物，呈彌漫性形成;粘膜皺壁層糜爛面加深或流血量大;表層上皮細胞壞死脫落更加嚴重，因粘膜血管損傷嚴重伴流血，更明顯可見血漿外滲，粘膜下層有流血，水腫甚穿孔，或發現腸粘膜紊亂、腸痙攣、腸曲縮短，胃腸或腸曲之間瘺管、結腸袋形成加深或消失、充盈缺損等等，有時可伴發腸憩肉，或直腸癌、結腸癌病變。

慢性腸炎泛指腸道的慢性炎癥性疾病，其病因可為細菌、霉菌、病毒、原蟲等微生物感染，亦可為過敏、變態反應等原因所致。長期過度疲勞、情緒激動、過度精神緊張，加以營養不良，都可成為慢性腸炎的誘因。也可繼發于咀嚼障礙、胃酸缺乏、胃大部切除術后、腸道寄生蟲病等疾患。