1.行為治療行為治療的方法頗多，包括脫敏法，即逐漸使患兒接近害怕的情景；認知行為治療法，減少患兒過多的焦慮；家庭治療，即幫助父母以適當的態度對待孩子的焦慮。無論哪一種方法，治療的核心是逐漸暴露，使患兒能面對害怕的情景。2.藥物治療自20世紀50年代苯二氮卓類藥出現后，取代了一些鎮靜藥，而稱為“抗焦慮藥”，其中常用的為地西泮(安定)，日口服劑量為1～2.5mg，分2～3次服(＞5歲)。三環類抗抑郁劑丙米嗪在臨床上已用于分離性焦慮的治療，此藥也常在單獨行為治療時，療效不明顯的情況下，與行為治療合用。據報道此藥結合行為治療對年幼兒童拒絕上學的療效較好，但此藥不作為分離性焦慮癥的首選治療。近年來，對于行為治療和(或)丙米嗪療效不明顯的患兒用鹽酸氟西汀(百憂解)顯示一定的療效，但仍有待于臨床的隨機試驗證實之。

年幼兒童早期發病的預后較好，一般能較早回到學校;而青少年兒童在發病時伴有其他癥狀如學習困難，則預后相對比年幼兒童差一些。作為一個群體來說，兒童患分離性焦慮癥是成人期焦慮癥的一個風險較大的高危因素。