正常的活細胞，胞膜結構完整，能夠排斥臺盼藍，使之不能夠進入胞內；而喪失活性或細胞膜不完整的細胞，胞膜的通透性增加，可被臺盼藍染成藍色。通常認為細胞膜完整性喪失，即可認為細胞已經死亡。因此，借助臺盼藍染色可以非常簡便、快速地區分活細胞和死細胞。臺盼藍是組織和細胞培養中最常用的死細胞鑒定染色方法之一。

亞甲藍的配伍濃度一定要合適，應該用0.1%～0.2%的低濃度液；否則會對身體有傷害。

亞甲藍本身系氧化劑，根據其在體內的不同濃度，對血紅蛋白有兩種不同的作用。低濃度時6-磷酸-葡萄糖脫氫過程中的氫離子經還原型三磷酸吡啶核苷傳遞給亞甲藍，使其轉變為還原型的白色亞甲藍；白色亞甲藍又將氫離子傳遞給帶三價鐵的高鐵血紅蛋白，使其還原為帶二價鐵的正常血紅蛋白，而白色亞甲藍又被氧化為亞甲藍。亞甲藍的還原-氧化過程可反復進行。高濃度時，亞甲藍不能被完全還原為白色亞甲藍，因而起氧化作用，將正常血紅蛋白氧化為高鐵血紅蛋白。由于高鐵血紅蛋白易與CN-結合形成氰化高鐵血紅蛋白，但數分鐘后二者又離解，故僅能暫時抑制CN-對組織中毒的毒性。

使用新亞甲藍染色時，不成熟的紅細胞稱為網織紅細胞；使用羅曼諾斯基染色時，因其呈現為較大的、藍粉色紅細胞，所以稱為多染性紅細胞。盡管所有的多染性紅細胞使用新亞甲藍染色時都是網織紅細胞，但使用瑞氏染色時并不是所有的網織紅細胞都是多染性紅細胞

亞甲藍靜注后作用迅速，基本不經過代謝即隨尿排出，口服在胃腸道的pH條件下可被吸收。并在組織內迅速還原為白色亞甲藍。在6天內74%由尿排出，其中22%為原形，其余為白色亞甲藍，且部分可能被甲基化。少量亞甲藍通過膽汁，由糞便排出。