胃食管反流常見的并發癥有食管狹窄、食管潰瘍、食管縮短及Barrett's食管等。對于輕微的食管狹窄，可以通過飲食限制及藥物治療改善。短期單純性狹窄可以用Teflon擴張器治療，必要時可行支架置入治療。部分患者亦可行外科抗反流手術。對于食管潰瘍，通常需要大劑量PPI和黏膜保護劑的治療。Barrett's食管是胃食管反流嚴重的并發癥。因其有惡變的可能，應進行內鏡隨訪及活檢以早期發現異型增生及腺癌。當患者有低度異型增生時，可采用大劑量的PPI治療。中重度異型增生或出現結節狀增生時可行內鏡下激光、電凝、離子凝固術甚至局部食管切除。

胃食管腔因過度接觸（或暴露于）胃液而引起的臨床胃食管反流癥和食管黏膜損傷的疾病稱為胃食管反流。胃食管反流及其并發癥的發生是多因素的。其中包括食管本身抗反流機制的缺陷，如食管下括約肌功能障礙和食管體部運動異常等；也有食管外諸多機械因素的功能紊亂。胃食管反流臨床表現復雜且缺乏特異性，僅憑臨床表現難以區分生理性胃食管反流或病理性胃食管反流。目前必須采用綜合診斷技術。凡臨床發現不明原因反復嘔吐、咽下困難、反復發作的慢性呼吸道感染、難治性哮喘、生長發育遲緩、反復出現窒息、呼吸暫停等癥狀時都應考慮到胃食管反流存在的可能性，必須針對不同情況，選擇必要的輔助檢查，以明確診斷。

藥物治療常用雷尼替丁、法莫替丁或奧美拉唑等抑制胃酸分泌，應用氫氧化鋁凝膠及氧化鎂可中和胃酸，從而降低胃蛋白酶的活性，減少酸性胃內內容物對食管粘膜的損傷。并加用嗎丁啉、西沙比利或莫沙必利促進食管和胃的排空，減少反流。

反流性食管炎一般治療應避免精神刺激，少食多餐，低脂肪、清淡飲食，避免刺激性食物；不宜吃的過飽，特別是晚餐；睡前不要吃東西；忌煙、酒和咖啡，餐后不要立即躺平，睡眠時應把床頭抬高，以減少胃酸反流的機會