腸系膜動脈栓塞的治療方法首先是保守性的治療，通常在病人出現腹部疼痛八個小時之內的，而且沒有腹膜刺激癥狀的病人者一般進行保守性的治療，通常進行抗凝和溶栓的治療，其次是解痙和擴張血管。還要調整人體的水電解質的紊亂，進行抗感染的治療。病人還要注意禁止進食。

應迅速去除血管內的栓子，恢復腸系膜上動脈的血液灌注。對急性腸系膜上動脈栓塞患者早期應補足血容量，積極糾正存在的酸中毒，選用合適的抗生素及安置胃管等手術治療無論何種原因造成的急性腸系膜上動脈栓塞，大部分患者均需要急診手術剖腹探查，重建腸系膜上動脈血供，以防止或減少腸壞死。

腸系膜動脈栓塞，一般是來自于心臟瓣膜或者是下肢靜脈血栓等等引起的腸系膜動脈栓塞會到劇烈的腹痛表現，在發病初期，可以考慮進行溶栓以及抗凝治療效果比較好的，嚴重的就需要進行手術處理了

本病多發于患有動脈粥樣硬化、心臟瓣膜病膿毒血癥的患者，懷疑本病時可做腸系膜動脈造影，一旦確診應積極治療確診本病后嘗試溶栓治療若療效欠佳應早行開腹手術探查去除栓子術后繼續應用用藥物抗凝治療如有腸管壞死需行腸切除術。