藥物治療常用雷尼替丁、法莫替丁或奧美拉唑等抑制胃酸分泌，應用氫氧化鋁凝膠及氧化鎂可中和胃酸，從而降低胃蛋白酶的活性，減少酸性胃內內容物對食管粘膜的損傷。并加用嗎丁啉、西沙比利或莫沙必利促進食管和胃的排空，減少反流。

反流性食管炎一般治療應避免精神刺激，少食多餐，低脂肪、清淡飲食，避免刺激性食物；不宜吃的過飽，特別是晚餐；睡前不要吃東西；忌煙、酒和咖啡，餐后不要立即躺平，睡眠時應把床頭抬高，以減少胃酸反流的機會。

反流性食管炎是指胃,十二指腸內容物反流至食管內而引起的食管粘膜發生的消化性炎癥.本病主要是由于各種原因引起的食道一胃接連區高壓帶的抗反流功能失調,或由于局部機械性抗反流機制障礙.不能阻止胃,十二指腸內容物反流到食管,以致胃酸,胃蛋白酶,膽鹽和胰酶等物質損傷了食道粘膜,引起炎癥,糜爛,潰瘍或狹窄.主要癥狀為吞酸,吐酸,胸骨后燒灼不適感或灼痛,以及吞咽障礙等.治療主要是用抗酸劑,抑酸劑,粘膜保護劑以及促胃動力藥,嚴重的需要考慮手術.

臨床上建議是根除幽門螺旋桿菌的治療方案，一般建議聯合藥物如胃酸分泌抑制藥（如雷尼替丁或奧美拉唑）、膠態鉍制劑（如果膠鉍或枸椽酸鉍鉀）、抗生素（如阿莫西林或克拉霉素）進行治療，這個方案治療時間是一個月以上，一定注意規律飲食與清潔飲食，同時注意一定注意忌下煙、酒、咖啡、辛辣生冷食物，并少吃含淀粉多的食物（土豆、芋頭等）。