對于散在的比較小的宮頸囊腫一般不需治療，只要每年檢查即可；對于密集的較小的納氏囊腫或比較大的囊腫，可考慮光療、激光、微波、自凝刀等物理治療；對于較大的突出于宮頸表面的，可考慮電刀切除治療。上述治療方法均無太大痛苦，也基本不會影響日常的工作和生活。但需要強調的是，既然宮頸囊腫是不可小視的紅色警報—異常陰道出血慢性宮頸炎的一種表現，那么就必須清楚慢性宮頸炎與宮頸癌關系非常密切。在長期炎癥刺激下，少數慢性宮頸炎患者具有惡變傾向，故仍需高度關注。因此宮頸囊腫患者每年要做宮頸涂片檢查，除外宮頸癌及癌前期疾患。

患卵巢囊腫的情況多種多樣，卵巢囊腫有良性和惡性之分，也有大小之分，如發現惡性腫瘤應立即手術切除，并進行化療等，以保全生命，不考慮懷孕。如為良性腫瘤，也分贅生性和非贅生性兩種。如果經檢查發現卵巢良性腫瘤，應確定大小，并確定和月經周期的關系，如卵巢囊腫生長過快、過大，應盡早手術切除或剔除；有些囊腫如為畸胎瘤，可以發生蒂扭轉，產生急腹痛；還有些囊腫壁較薄，易自發破裂，也發生急腹痛。因此在準備懷孕時應查清盆腔，如囊腫大于5厘米，應行手術后再懷孕。如懷孕后發現有卵巢囊腫，應定期到醫院檢查，如在孕期逐漸長大，最好在孕18-20周前手術切除為妥。