甲狀腺囊腫的治療方法是有很多的在甲狀腺囊腫的治療的期間，患者自身的調養也是很重要的，要結合治療方法，讓病情達到最好的效果。整體免疫平衡療法可有效抑制甲狀腺組織的增生，在腫大的甲狀腺、甲狀腺瘤體、突眼恢復正常的基礎上使甲狀腺的自身免疫功能得到徹底恢復，切斷致病根源，從而達到治愈后不復發的目的。據統計該療法對甲亢的治愈率可達95%。此療法重在調節患者神經與體液系統功能，恢復甲狀腺自身的正常分泌和免疫功能，祛除因長期服用西藥導致的依賴性，修復給患者帶來的白細胞減少、肝臟轉氨酶升高和腎臟損傷。甲狀腺囊腫多發生于20-40歲青壯年女性。腫塊多呈單發或可多發，生長緩慢，多無自覺癥狀。有時因腺瘤內出血，腫塊會突然增大，伴有脹痛。甲狀腺囊腫(腺瘤)甲狀腺腫塊位于喉節下兩側呈圓形或橢圓形，表面光滑，邊界清楚，質地韌實或有囊性感，和皮膚無粘連，無壓痛，可隨吞咽動作上下移動。甲狀腺囊腫(腺瘤)甲狀腺腫塊位于喉節下兩側呈圓形或橢圓形，表面光滑，邊界清楚，質地韌實或有囊性感，和皮膚無粘連，無壓痛，可隨吞咽動作上下移動。在腫塊逐漸增大后可感到憋氣或有壓迫感，甚者聲音嘶啞和吞咽困難。

甲狀腺囊腫是一種比較常見的疾病，治療方法有手術治療，中醫中藥治療，但前者會留下手術疤痕，單純的中醫藥治療效果又不理想。
1、穿刺治療病人取仰臥位，行觸診，確定囊腫部位，在囊腫的下極作標記。用一次性2ml注射器吸取1ml止血敏或1kU立止血（視患者的經濟情況選用）。根據囊腫的大小選用一次性5～10ml注射器連接7號針頭，抽取1%利多卡因2～5ml。局部用2%碘酒和75%酒精進行消毒，用左手固定甲狀腺囊腫，右手持第二支注射器在囊腫標記處刺進皮膚做點狀局麻后，術者右手拇指和食指握住注射器針筒，右手其余各指握住活塞向后撥拉，在保持注射器負壓的狀態下徐徐刺向甲狀腺囊腫下方，待針頭有一落空感后，再向前推進0.5cm左右，左手固定并適當擠壓囊腫，右手持注射器抽吸。可以反復抽吸，直到吸不出液體為止。吸凈液體后取下注射器，接上吸有止血劑的一次性2ml注射器注入0。5～1ml藥液，拔出針頭，覆蓋紗塊并用膠布固定。
2、中醫辨證治療中醫治療根據中醫辨證進行辨證施治。主要分為氣滯型，血瘀型和痰凝型三型。
（1）氣滯型：表現發病與精神因素有關，病位在肝經。除頸部腫物外伴有胸脅脹痛，舌苔薄白，脈弦滑，用理氣解郁法，宜用逍遙散主之。也可以用川楝子，香附，青皮，陳皮，木香，八月札，砂仁，枳殼，血余炭，地榆等進行加減。
（2）血瘀型：頸部腫物出現較突然，多伴有不適或疼痛，腫物質地硬，舌質紫黯，瘀點瘀斑，脈濡澀，用活血祛瘀法，宜用桃紅四物湯主之。也可以用丹參，三棱，莪術，澤蘭，王不留行，乳香，沒藥，自然銅，地鱉蟲，石見穿，血竭，血余炭，地榆等進行加減。
（3）痰凝型：患處不紅不熱，按之堅實或有囊性感，舌苔薄膩，脈滑，用化痰軟堅法，宜用海藻玉壺湯主之。也可以用夏枯草，海蛤殼，海浮石，生牡蠣，黃藥子，山慈姑，白芥子，血余炭，地榆等加減治療。療效標準
（1）治愈：經1～2個療程治療后，頸部囊腫消失，隨訪1年未見復發。
（2）好轉：經1～2個療程治療后，頸部囊腫縮小1/2以上。
（3）無效：經1～2個療程治療后，頸部囊腫未見明顯縮小。