核磁共振檢測雖然是一種重要的醫學檢查手段，但也具有一定的局限性，如對某些器官顯示不佳、檢查時間長、有禁忌證、費用較高、受金屬物品影響等。 1. 對部分器官顯示有限：對于含氣較多的器官如肺部，其成像效果不如 X 線和 CT 檢查。 2. 檢查時間長：通常需要十幾分鐘甚至更長時間，患者可能因長時間保持同一姿勢而感到不適。 3. 存在禁忌證：如體內有心臟起搏器、金屬異物等患者不能進行檢查。 4. 費用相對較高：相比一些常規檢查，核磁共振的費用較貴，可能增加患者經濟負擔。 5. 易受金屬物品干擾：患者身上的金屬物品會影響成像質量，導致檢查結果不準確。 綜上所述，核磁共振檢測有其優勢，但也存在局限性。醫生會根據患者的具體情況，綜合考慮選擇最適合的檢查方法。

幾乎身體所有組織器官，都可以做磁共振檢查，但是有一些局限的，比如呼吸系統的肺部，肺部由于它里面含有空氣，磁共振的成像對比信號對比比較差，所以比較小的病灶，肺部小的病灶，磁共振是比較局限的，還有就是骨皮質，也是磁共振不成像的，目前一般的磁共振，骨皮質的小病灶是顯示不太好的。