生殖器皰疹開始局部先有灼癢及輕度緊張感，偶有伴發神經痛。隨即出現紅斑，在紅斑基礎上發生簇集性小丘疹，迅速變為粟粒至綠豆大小的水皰，內容澄清，水皰破裂后出現糜爛面，數日后干燥結痂。自覺灼癢，偶有倦怠，不適和輕微發熱等全身癥狀，愈合可遺留暫時性色素沉著。對于生殖器皰疹的患者，必要的忌口是防止復發的必要條件。如常吃辛辣發物，抽煙飲酒都對康復不利，特別是飲酒可促使本病復發，加重本病的癥狀，所以，患病后一定不要飲酒。多吃富含維生素、蛋白質的食物有助于疾病的康復，如新鮮的蔬菜、水果及牛奶、雞蛋等。

生殖器皰疹潛伏期后，男性龜頭、陰莖、尿道口、陰囊和大腿、臀部等處，女性陰唇、子宮頸、外陰等處出現灼熱感或刺痛，生殖器皰疹患者隨即出現紅斑伴群集瘙癢的小紅丘疹并迅速變為多發性水皰，亦可變成膿皰。生殖器皰疹癥狀為自覺局部灼熱感、瘙癢、疼痛明顯，并可有排尿困難(及步行困難。生殖器皰疹患者內褲宜寬松，要穿棉質內褲，忌穿化纖織物，因為此類織物不透氣，容易使外陰潮濕、溫暖，適于病毒繁殖生長，造成外陰病灶四起，難以清除。在平常生活中做到營養均衡膳食搭配，應該吃一些高蛋白富有營養的食物，還需要吃一些水果和蔬菜補充人體的維生素和礦物質。

皮損初起為單個或多個散在的淡紅色小丘疹，質地柔軟，頂端尖銳，后漸增多增大，依疣體形態可分為無柄型（即丘疹樣皮損）和有柄型，后者可呈乳頭狀、菜花狀、雞冠狀及蕈樣狀；疣體常呈白色、粉紅色或污灰色，表面易發生糜爛，有滲液、浸漬及破潰，尚可合并出血及感染；多數患者無明顯自覺癥狀，少數可有異物感、灼痛、刺癢或性交不適。如果患者去醫院治療過并且好了，也不要大意，應該隔段時間去醫院做一次檢查，避免長出來的可能。