不同地區病原菌有所不同，歐美國家40年代以A組溶血性鏈球菌占優勢，50年代以金黃色葡萄球菌為主，60年代以大腸桿菌占優勢，70年代以后B組溶血性鏈球菌(GBS)成為最多見的細菌，大腸桿菌次之，克雷白桿菌、綠膿桿菌、沙門菌也頗重要。近年來表皮葡萄球菌成為美國醫院內獲得性感染最常見的細菌。我國仍以大腸桿菌(多具有K1抗原)和金黃色葡萄球菌最常見，克雷白桿菌、綠膿桿菌和L細菌(以Lister研究所定名)感染常有報道，表皮葡萄球菌感染不斷增加，GBS雖有報道但不多。

細菌的毒力比較強，如金黃色葡萄球菌、大腸桿菌、溶血性鏈球菌、綠膿桿菌、沙門氏茵等是新生而常見的致病菌。因細菌感染可在胎內、分娩過程中或產后感染，

新生兒敗血癥主要是由大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、表皮葡萄菌、克雷白桿菌及B組鏈球菌感染所致。事實上，病原菌因不同地區和年代而異，我國多年來一直以金黃色葡萄球菌和大腸桿菌感染多見。而B族溶血性鏈球菌（GBS）和李斯特菌為發達國家新生兒感染常見的致病菌，但國內極少見。