新生兒黃疸是否有后遺癥取決于多種因素，如黃疸類型、嚴重程度、治療及時性等。常見的有生理性黃疸、母乳性黃疸、感染性黃疸、溶血性黃疸、膽道閉鎖性黃疸。一旦身體出現不適，應立刻就醫，遵從醫生的指示進行治療，不宜自行開藥。
1.生理性黃疸：一般出生后2-3天出現，7-10天消退，不會有后遺癥。
2.母乳性黃疸：多在出生后1周出現，停母乳3-5天可明顯減輕，通常也無后遺癥。
3.感染性黃疸：因病毒或細菌感染引起，積極抗感染治療，預后良好，很少有后遺癥。
4.溶血性黃疸：母嬰血型不合導致，及時治療可避免嚴重后果，否則可能影響神經系統。
5.膽道閉鎖性黃疸：較為嚴重，若未及時治療，可能導致肝硬化等嚴重后遺癥。
多數新生兒黃疸經及時有效治療可痊愈且無后遺癥，但若黃疸嚴重且未得到恰當處理，可能會有不良影響。家長需密切關注，如有異常及時就醫。

除生理性和病理性黃疸外，還有一種新生兒黃疸稱為母乳性黃疸。其特點為：黃疸程度較生理性高，黃疸持續時間長，有的可持續三個月之久。但嬰兒一般情況良好，無引起黃疸的其他病因可發現。停喂母乳后3天，黃疸下降明顯。母乳性黃疸與腸道重吸收膽紅素有關。母乳性黃疸一般不會引起膽紅素腦病。但值得注意的是：要診斷母乳性黃疸必須首先排除病理性黃疸。