腹腔鏡手術剝除卵巢異位癥囊腫存在一定風險，如出血、感染、囊腫破裂、周圍臟器損傷、復發等。 1.出血：手術中可能損傷血管導致出血，若出血量大，可能需要輸血治療。 2.感染：術后可能發生切口或腹腔內感染，表現為發熱、腹痛等，需使用抗生素治療，如頭孢呋辛、左氧氟沙星、甲硝唑等。 3.囊腫破裂：操作不當可能引起囊腫破裂，囊液流入腹腔，增加復發風險。 4.周圍臟器損傷：可能損傷輸尿管、膀胱、腸道等周圍臟器。 5.復發：異位的內膜組織可能殘留，導致疾病復發。 6.麻醉相關風險：如麻醉藥物過敏、呼吸抑制等。 雖然腹腔鏡手術剝除卵巢異位癥囊腫存在一定風險，但在正規醫院，由經驗豐富的醫生操作，可有效降低風險，患者不必過度擔憂。

最常見的風險是不能保留卵巢，或卵巢功能喪失。對于手術目的是剝除卵巢異位囊腫，而不是切除卵巢的腹腔鏡手術，特別是對那些仍處于生育期的婦女，手術中將囊腫從卵巢中剝離出來的同時，應盡量保留正常卵巢組織。如果囊腫非常大，卵巢幾乎沒有正常組織，則整個卵巢必須切除。也可以選擇兩步法保留卵巢組織，首先引流囊腫液，3~6個月后再次手術，剝除殘余的囊腫組織。 　　還有一種比較少見的不得不切除卵巢的情況是手術中發囊腫肉眼觀察像癌變或手術過程中無法止血。如果患者不管任何情況下都不想切除卵巢，手術前必須讓婦科醫生知道，并簽署醫療文件。 　　另外，凡是手術，粘連都難以避免，對于卵巢囊腫也如此。卵巢與輸卵管很近，輸卵管周圍粘連變形，不通暢會導致不孕。