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運動神經元病提倡以中醫中藥為主的治療方法。本病以虛證多見，或虛實夾雜，一般的治療原則為補脾損，溫養腎陽，滋補肝血，養陰祛濕，其方法有以下幾種。中醫認為萎癥的成因主要是由于"熱"和"虛"，先天不足，后天失養，臟腑虧虛，功能失調所致。運動神經元損傷，在治療上完全體現了中醫的治療優勢，調補肝腎，濡潤失養筋脈，在治療上取得很大的臨床成效

中醫治療疾病，歷來重視辨證施治的治療原則，但同時也包含辯病論治的內容。辨病是根據患病部位特異的病因、病理及病狀特點，以辨析診斷疾病，故辨病論治就是針對患病部位特異的病因、病理及癥狀進行治療，以達到治愈疾病的目的。即辨病反映疾病的全過程的綜合診斷，具有相對穩定性。辨證論治是反映疾病全過程中，某一階段的臨床診斷，針對該階段的診斷，確定治療。具有相對的靈活性。