巧克力囊腫一般是良性病變，這種病不是腫瘤，它是子宮內膜異位癥的一種病變，治療要根據患者的年齡，是否有生育要求等等而定，對有生育要求的一般采用藥物治療，定期隨訪。癥狀重，藥物治療效果不佳的，或包塊很大的，可采用保守性手術，如抽吸術，囊腫剝除，患側卵巢切除等等，具體藥物應該去醫院讓醫生開處方

巧克力囊腫有可能導致不孕，其原因包括影響排卵、改變盆腔環境、影響輸卵管功能、產生免疫反應、干擾受精卵著床等。 1.影響排卵：巧克力囊腫可能影響卵巢的正常功能，導致卵子生成和排出異常。 2.改變盆腔環境：使盆腔內環境變得不利于精子存活和卵子受精。 3.影響輸卵管功能：可能壓迫或粘連輸卵管，阻礙卵子和精子的結合及受精卵的運輸。 4.產生免疫反應：誘發機體免疫反應，對生殖過程產生不良影響。 5.干擾受精卵著床：影響子宮內膜的容受性，使受精卵難以成功著床。 總之，巧克力囊腫對生育有潛在的不良影響，但并非所有患者都會不孕。發現巧克力囊腫后，應及時就醫，醫生會根據具體情況制定個體化的治療方案，以提高受孕機會。