陰莖根部起痘疼痛可能是毛囊炎，也可能是其他疾病，如皮脂腺囊腫感染、生殖器皰疹、濕疹合并感染、癤子等。若感身體不適，請立即尋求專業醫療幫助，遵循醫生指導進行治療，切勿隨意服藥。
1.毛囊炎：多由細菌感染引起，毛囊口出現紅色丘疹，伴疼痛。治療可外用莫匹羅星軟膏、夫西地酸乳膏等。
2.皮脂腺囊腫感染：皮脂腺排泄管阻塞，皮脂潴留形成囊腫，繼發感染時會疼痛。治療以抗感染為主，可外用碘伏消毒，涂抹復方多粘菌素B軟膏。
3.生殖器皰疹：由單純皰疹病毒感染所致，表現為水皰、潰瘍、疼痛。需要抗病毒治療，如外用阿昔洛韋乳膏。
4.濕疹合并感染：與過敏、局部刺激等有關，可出現紅斑、丘疹、水皰，感染時疼痛。治療包括外用爐甘石洗劑、糠酸莫米松乳膏，同時抗感染。
5.癤子：毛囊深部及周圍組織的化膿性炎癥，紅腫熱痛明顯。可外用魚石脂軟膏。
陰莖根部起痘疼痛的原因較多，建議及時就醫，明確診斷后遵醫囑用藥治療。同時要注意個人衛生，保持局部清潔干燥，避免搔抓，飲食清淡。

考慮和毛囊炎是有很大關系的。可以去醫院詳細檢查一下，根據情況進行有針對的治療。自己在家可以用淡鹽水清洗下，平時注意個人衛生和性生活衛生，勤換內衣。飲食上少吃辛辣刺激性食物，多喝水，多吃蔬菜水果。