畸形兒發(fā)生的原因，至今尚未完全清楚。大致的原因可以分成三個(gè)方面：遺傳因素，妊娠中胎兒的生長(zhǎng)環(huán)境，還有分娩時(shí)的創(chuàng)傷。
1、遺傳性畸形這是由于遺傳因子異常而導(dǎo)致的畸形。遺傳疾病有短指、色盲、白化病等等。但并不是父母患有遺傳病都會(huì)遺傳給胎兒。一般地，父母中只有一方患有遺傳病時(shí)，不一定會(huì)遺傳給孩子。一般情況下，近親結(jié)婚的遺傳因子更多，產(chǎn)生畸形兒的機(jī)會(huì)較多。一般來(lái)說(shuō)，男孩易患色盲，而女孩則不易。目前，由于遺傳造成的畸形兒不到10％。但遺傳因素加上胎兒生長(zhǎng)環(huán)境的不利因素，使得畸形兒發(fā)生率增加。
2、因藥物影響產(chǎn)生的畸形兒同樣的一種藥，對(duì)人的影響也是各不相同的，不一定都會(huì)造成畸形兒。但是孕婦用藥還是要特別小心。安眠藥、安定片、麻醉藥，鎮(zhèn)痛劑等藥物對(duì)胎兒腦神經(jīng)有不良影響，孕婦不能亂用，以保證安全。止吐藥，暈車靈等也要在醫(yī)生指導(dǎo)下服用。對(duì)于能有效防止流產(chǎn)的黃體激素，可以按醫(yī)生的要求使用，如大量地長(zhǎng)時(shí)間地使用，對(duì)胎兒就會(huì)有影響，特別是女嬰的外陰會(huì)男性化（半陰陽(yáng)）。另外，動(dòng)物實(shí)驗(yàn)表明，少量的抗癌藥，抗組胺等也會(huì)導(dǎo)致畸形兒產(chǎn)生。所以對(duì)孕婦來(lái)說(shuō)，也是禁服的。
3、風(fēng)疹引起的畸形孕婦在妊娠初期患了風(fēng)疹（三月麻疹），生下的嬰兒可能會(huì)是小頭癥，白內(nèi)障、聽力不良（聾子），心臟畸形等各種畸形胎兒。有時(shí)很可能是在胎兒生下后幾個(gè)月后才發(fā)現(xiàn)是畸形兒，這是因?yàn)樾律鷥涸谀阁w內(nèi)受到慢性病毒感染而的造成。風(fēng)疹是一種可怕的病毒性疾病。小孩時(shí)患的機(jī)會(huì)較多，一旦患過(guò)即可獲得終生免疫。所以已經(jīng)患過(guò)風(fēng)疹的人就不必?fù)?dān)心了。要想知道有無(wú)免疫，可以在懷孕2～3個(gè)月后檢查抗體，用血液檢查即可。另外感冒、脊髓炎、腮腺炎等病毒性感染，是否會(huì)引起畸形，至今尚未很清楚。
4、血型不合引起的畸形母子之間血型（Rh型）不合會(huì)導(dǎo)致流產(chǎn)、死胎。即使胎兒生下后也會(huì)再現(xiàn)嚴(yán)重黃疸，大腦失去知覺(jué)。這種情況在我國(guó)比較少，況且妊娠期也做過(guò)血型檢查。醫(yī)生會(huì)在根據(jù)檢查情況做出大概的估計(jì)提出分娩措施，所以孕婦不必為此擔(dān)心。
5、造成畸形兒的其他原因最近出現(xiàn)有這樣不常見的情況，即孕婦在梅毒未治好之前懷孕，以致生下先天性梅毒兒。
所以，發(fā)現(xiàn)梅毒應(yīng)盡早治療。狗、貓、豬等身上有寄生蟲，如果孕婦受到感染，也有可能生下腦積水的大頭嬰兒。所以，孕婦最好不要飼養(yǎng)動(dòng)物。另外，據(jù)說(shuō)患有糖尿病的孕婦，也經(jīng)常會(huì)生下巨大兒