上頸椎不穩(wěn)癥的診斷主要依據(jù)：既往病史，包括有無(wú)先天發(fā)育性畸形、外傷史及咽喉部炎癥等；臨床癥狀特點(diǎn)，以及X線(xiàn)片或其他影像學(xué)檢查（CT及MRI檢查）等。該病除需與一般疾患鑒別外，在臨床上主要需與以下病種相區(qū)別：
1.脊髓型頸椎病在未對(duì)患者進(jìn)行詳細(xì)的臨床與影像學(xué)檢查前易將兩者混淆。但如能想及本病，并對(duì)上頸椎攝以動(dòng)力性點(diǎn)片，則不難鑒別。
2.椎動(dòng)脈型頸椎病兩者引起完全相同的臨床癥狀，可借助X線(xiàn)片、CT或MRI檢查等加以鑒別，必要時(shí)行椎動(dòng)脈造影或MRA檢查等進(jìn)行判定。
3.偏頭痛在枕頸不穩(wěn)時(shí)，由于第1頸神經(jīng)受累而引起頭后部劇痛，易被誤診為偏頭痛。此時(shí)，除可根據(jù)兩者各自的臨床特點(diǎn)加以鑒別外，對(duì)枕大神經(jīng)行封閉療法將有助于鑒別診斷。
4.頸部腫瘤椎骨的腫瘤易被發(fā)現(xiàn)，但椎管內(nèi)的腫瘤，尤其是枕骨大孔附近處的腫瘤則易漏診。
5.其他尚應(yīng)與頸型頸椎病、頸背部筋膜纖維織炎及頸部扭傷等鑒別。