手術后最常見的并發癥是代償性出汗，手汗癥術后少部分患者在軀干尤其是背部、大腿等部位的出汗可能會比原來增多，這種現象稱為代償性出汗，是一種常見的并發癥，隨著手術方法的改善以及手術技巧的提高，這種并發癥的發生率以及嚴重程度已經大大降低。多數病人的代償性出汗癥狀相當輕微，不致造成日常活動的明顯不便，且絕大多數病人的代償性多汗會隨著時間的推移逐漸緩解或適應。術后代償性多汗與交感神經切除的范圍有關，正確的手術方法可降低術后代償性多汗;此外本來全身出汗就特別多的病人，術后代償性多汗也會比較明顯，而且相對比較嚴重;代償性多汗大多在術后3~6月后緩解;代償性多汗機制未明。Guttman報導這種并發癥可能與熱調節機制有關。Shelley 以及Fl0rence推斷胸腔鏡交感神經切除術后的多汗是代償性的，并且起到熱調節功能。　　其他并發癥有霍納氏綜合癥、血氣胸以及皮下氣腫等，其中霍納氏綜合癥是最可怕的并發癥。由于星狀神經節受到損害所致的霍納氏綜合癥，表現為一側瞳孔縮小、眼球下陷、患側顏面無汗以及眼瞼下垂等。這與醫生對手術的熟練程度以及手術技巧有關;只要掌握手術要領， 術中操作小心，其實很容易避免。

手汗癥手術后遺癥三手汗的手術后可能會發生代償性流汗，也就是原先由手排出的汗水改由其它部份排出。一般術后手掌幾乎完全無汗，手臂、腋窩、頭臉部出汗大幅減輕，腹背部，大腿出汗手術后可能會增加。至于足部，有40-80%出汗可能減輕。這種情形在炎夏較明顯，一般而言并不會構成太大的困擾，僅有少數的病患對代償性流汗難以忍受。手術時如果破壞的交感神經節數范圍較小。