經過研究發現，許多身患癲癇的媽媽所生的小孩先天畸形約比無癲癇母親所生的兒童高2～3倍。嬰兒可以出現口面、心血管及骨骼系統嚴重或輕微畸形，其嬰兒發生口面裂的危險性較非癲癇母親的嬰兒高4～11倍，先天性心臟病增加4～7倍。

治療癲癇的藥物其有些毒性是可導致胎兒畸形的。到目前為止，卡馬西平、拉莫三嗪、丙戊酸等抗癲癇藥物均有致畸的報道。致畸的機理不明，可能與抗癲癇藥物引起染色體突變或干擾葉酸代謝、導致孕婦體內脫氧核糖核酸合成障礙有關。癲癇治療藥物除了效果好之外，不同種類的治療藥物都有著很強的神經刺激性。巴比妥類藥物可以導致先天性心臟病、顱面及肢體畸形，包括面裂。卡馬西平可導致胎兒胎頭小、身高體重小、髖關節脫位、腹股溝疝、尿道下裂、先天性心臟病及神經管缺損。

在抗癲癇藥物中，苯妥因可以導致胎兒苯妥因綜合征：胎兒及生后發育不良，小頭，顱面畸形尤其是雙眼距過大及指(趾)甲指(趾)骨發育不良，還可有面裂，先天性心臟病泌尿生殖器畸形，皮下血管畸形，腦畸形及胚胎性腫瘤。所以一直以來醫生都在告誡患者服用藥量一定要適量，其中，丙戊酸除可以引起上述相關畸形外，其具有較獨特的致畸作用，即脊柱裂等神經管缺損，其發生率為2.5%。同時丙戊酸為唯一證實畸形與劑量有關的抗癲癇藥物，劑量越大，致畸危險也越高。除了致畸的副作用外，抗癲癇藥物本身也可能導致孕婦后代精神運動性發育遲滯。