早期使用適當抗菌藥物可減輕癥狀及縮短病程。本病有自限性，多數病例不經治療可自愈。大環內酯類抗菌藥物為首選，如紅霉素、羅紅霉素和阿奇霉素。氟喹諾酮類如左氧氟沙星、加替沙星和莫西沙星等，四環素類也用于肺炎支原體肺炎的治療。療程一般2～3周。因肺炎支原體無細胞壁，青霉素或頭孢菌素類等抗菌藥物無效。對劇烈嗆咳者，應適當給予鎮咳藥。若繼發細菌感染，可根據痰病原學檢查，選用針對性的抗菌藥物治療。 本病具有自限性，多數病例不經治療可自愈，使用適當的抗菌藥物可以減輕癥狀，縮短病程。 治療首選紅霉素，亦可用四環族抗生素。早期使用適當的抗生素可以減輕癥狀，縮短病程至7～10天。

支原體體感染最主要的治療就是抗支原體感染治療，常常選用敏感的抗生素來治療，對支原體有效的抗生素首先紅霉素，另外對于有其他嚴重癥狀的需要對癥治療，比如說支原體肺炎表現為劇烈的干咳，所以需要使用中樞性的鎮咳藥物。由于支原體感染目前很少見了，所以你需要去醫院接受相關檢查，并且積極的配合治療。

泌尿生殖道感染支原體后，引起的疾病男性為非琳菌性尿道炎，女性主要為非琳菌泌尿生殖道炎。男性表現為尿道刺癢、燒灼感和排尿困難，少數有尿頻。尿道口輕度紅腫，分泌物稀薄，部分病人無癥狀。女性表現為白帶增多，尿道灼熱或引起盆腔炎，輸卵管炎等而引起不孕，流產和宮外孕。