1、保守治療。保守治療一般是指使用藥物進行治療，這樣的藥物也較多。通過藥物作用讓病人暫時停經3～6個月，卵巢內子宮內膜也不會流血，這樣卵巢內的囊腫就可能縮小。絕經期間，痛經等癥狀可以完全消失，但是想讓卵巢內的巧克力囊腫完全消失不太可能，停藥后仍有復發的可能。 　　2、手術治療。對于一些患者來說，采用手術治療是最好的治療方法，尤其是囊腫較大的患者。腹腔鏡微創手術是一個可以根治此病的方法。巧克力囊腫患者,有痛經、悻茭痛、經血改變和不育等麻煩。因此及早治療是很關鍵的。腹腔鏡微創技術是一種無痛、無創、副作用小、恢復快的技術，也是目前最受卵巢巧克力囊腫所親睞的一種技術。

首先只能說巧克力囊中可能性大，只有病理檢查才能確診。3cm的囊腫可以先保守治療，你吃的藥是可以的，如果是炎性包塊效果更好一點，根治的話只有手術：腹腔鏡首選，再有就是經腹手術。

也可以選擇正確的處理在于及時的手術治療.手術方式需視患者對生育的要求而定,如患者年青并渴望生育,應盡量切除病灶,松解粘連,保留子宮及正常卵巢組織,為日后生育創造條件。 先不要太過于擔心，對癥治療就能很好痊愈的，先吃藥，定期去復查。 祝您早日康復。