生殖器皰疹具有潛伏期，一般來說，大約是在3～14天左右，平均大約是在6天。主要的發病部位就是龜頭、冠狀溝、包皮、男性生殖器；而對于女性的生殖器皰疹疾病來說，最常見的癥狀就是外陰、宮頸、肛周及臀部，主要的表現形式就是粟粒大丘疹、水皰，可彼此融合成片。除此之外，患者也還會出現一定程度上的排尿異常。 生殖器皰疹比較常見的表現為陰部出現一堆約3-4個至5-6個小水皰，基底有些潮紅。幾天后水皰破潰成為小的麻爛面或淺的潰瘍，自覺疼痛不適，不經過治療可很快愈合，不留疤痕。若皰疹發生在尿道口，那么水皰糜爛可使患者感到小便時疼，小便回數增多，尿道口有分泌物。

生殖器皰疹開始局部先有灼癢及輕度緊張感，偶有伴發神經痛。隨即出現紅斑，在紅斑基礎上發生簇集性小丘疹，迅速變為粟粒至綠豆大小的水皰，內容澄清，水皰破裂后出現糜爛面，數日后干燥結痂。自覺灼癢，偶有倦怠，不適和輕微發熱等全身癥狀，愈合可遺留暫時性色素沉著。 患者開始時局部發紅、灼熱及輕癢，迅速變為米粒大小紅色丘疹后來會隨著病情的發展，而逐漸擴散，到最后連成幾塊比較明顯的紅色丘疹。并很快變成水皰幾天后，形成潰爛、潰瘍、結痂，有疼痛，可有局部淋巴腫大。