目前全國性傳播疾病預防控制中心推薦青少年和成人衣原體、支原體感染的治療方案是：維淋金通素。生殖道支原體感染的治療對于生殖道支原體感染的治療，必須權衡利弊，慎重進行，不可過于積極。對感染者配偶或性伴的治療也同樣要慎重，關鍵是要針對可能合并存在的其它性病病原體感染。有許多支原體感染者，長期使用抗生素治療，但支原體檢查依然陽性，而且還出現了許多新的不適。究其原因，極為復雜，支原體耐藥、檢測錯誤或試劑不過關、二重感染（長期應用抗生素者容易出現真菌、其它不敏感細菌感染）、心理因素等均可能存在其中。一般而言，對衣原體感染有效的藥物對支原體感染也有效。必要時，可采用四環素類藥物（常用的有四環素、多西環素、米諾環素）、大環內酯類藥物（常用的有紅霉素、琥乙紅霉素、羅紅霉素、阿奇霉素）和喹諾酮類藥物（常用的有氧氟沙星、左氧氟沙星）及大觀霉素、克林霉素、克拉霉素等治療生殖道支原體感染，療程為1～2周。其中紅霉素對人型支原體無效，克林霉素對解脲支原體無效。對女性盆腔炎，應考慮其多因素性，治療應包括針對淋球菌、沙眼衣原體、人型支原體及厭氧菌的抗生素，國外推薦頭孢西丁＋多西環素或克拉霉素＋慶大霉素的聯合治療方案。對于可能由支原體感染引起的前列腺炎，宜采用米諾環素治療，因為米諾環素能穿過前列腺包膜而在前列腺內達到殺滅支原體所需要的藥物濃度。值得提出的是，前列腺炎病因復雜，抗生素治療的效果并不一定好，需采用綜合療法，而且最好聽從泌尿外科專家的意見進行治療。近年來，支原體對抗生素的耐藥性問題已引起多方注意，濫用抗生素可能是導致支原體耐藥的重要因素。有報道，解脲支原體對四環素的耐藥株占10%～20.6%，對多西環素的耐藥株占8%～27.5%,對紅霉素的耐藥株占10%～52.4%。解脲支原體和人型支原體對氧氟沙星的耐藥株占近20%。此外，對羅紅霉素及阿奇霉素耐藥的支原體也有報告。由于支原體對抗生素的耐藥性有日漸增加的趨勢，臨床用藥時應予以注意。有專家主張在治療支原體感染時，為了減少或防止耐藥株的出現，宜采用2～3種不同類型的抗生素聯合治療。同時，還可給予中藥輔助治療，但尚未發現治療支原體的特效中藥。總之，生殖道支原體感染是目前醫學界爭議頗多的問題。支原體是否是尿道炎、前列腺炎和盆腔炎等疾病的病因尚未得到證實。生殖道支原體感染不僅存在于性病病人和性病高危人群中，在健康人（包括嬰幼兒）中也同樣存在泌尿生殖道支原體的寄居。因此，生殖道支原體并非一定是性病，也并非都要治療。生殖道支原體感染的治療要視具體情況而定，切忌急躁草率。