巧克力囊腫是婦科病中比較復雜的病，是患病女性揮之不去的夢魘，它到處粘連，四處流竄，治療之后又很容易復發，纏綿難愈。巧克力囊腫如果不積極治療，隨著病程的延長，囊腫體積會出現增大現象。如果巧克力囊腫發生破裂，會引起劇烈的腹痛，如果處理不及時，還可能導致彌漫性腹膜炎，造成致命的后果，而巧克力囊腫常引起盆腔及輸卵管疾病，導致盆腔粘連，使輸卵管蠕動受阻或輸卵管堵塞等機械因素導致不孕。

1）痛經，這是巧克力囊腫的主要癥狀，為繼發性且逐年加重，但也有少數病人無明顯的痛經。異位的子宮內膜受卵巢激素的作用，與正常子宮內膜有同樣的周期性變化，月經后半期，異位的內膜高度增厚充血，子宮內膜異位瘤內壓力逐漸增加，行經時經血聚積囊內，使囊壁承受的壓力驟然增加而引起疼痛。因此，子宮內膜異位癥痛經的特點多從月經前甚至周期后半期開始，持續整個月經期至月經后數日消失。疼痛部位多在下腹正中，或偏于一側，病變浸及子宮直腸。　　2）月經不調：月經過多，月經血量多，也是巧克力囊腫臨床常見癥狀之一，一般月經周期規律表現為經血過多或帶經日久。　　3）性生活痛：子宮直腸窩陰道后穹隆，宮骶韌帶等部位的子宮內膜異位癥均可發生性生活痛，而且常于月經前較為明顯。　　4）不孕：多數子宮內膜異位癥患者伴有不孕癥，在原因不明的不孕癥患者中多數伴有子宮內膜異位癥，患者常因盆腔器官粘連，使輸卵管蠕動受阻或輸卵管堵塞等機械因素導致不孕，亦可能為卵巢功能不全，自身免疫反映增強，前列腺素增加，泌乳素增高等因素有關。