可以采用中醫治療，可以采用鴉膽子仁搗碎涂抹于患處，有助于改善癥狀，或者可以采用雄黃解毒散加入百部酒外用。也可以采用局部外用藥物治療，可以采用噴昔洛韋霜或者干擾素等不同情況采取的治療方法不一樣，要保持創面的清潔干燥，不要喝酒抽煙的，飲食要以清淡為主，多吃新鮮水果和蔬菜。

扁平疣是由一種叫做乳多空病毒所引起的表皮良性贅生物,是很常見的皮膚病,好發于青少年面部,手背或前臂等處,可自愈也可復發,治療可用2.5％5-氟脲嘧啶軟膏涂疣面,疣數較多者可用抗病毒和免疫促進劑治療.如鹽酸嗎啉呱,左旋咪唑.中醫用祛風清熱,涼血活血,軟堅散結法治療.有一稱加減治疣湯可一試:桑葉,菊花,黃芩,紫草,連翹,川芎,白蒺藜,珍珠母,生牡蠣,益母草等每天一劑.不管西醫或中藥,都須較長時間耐心治療,不可望一兩劑藥就痊愈.

對于疣發較多的病人,還可用板藍根30克,煎水熏洗疣發處皮膚,每日2~3次,使用板藍根注射液進行肌肉注射,每日2次,每次2毫升,注射兩個星期為一個療程,有治療扁平疣的作用.其他療法還有：病毒靈,每次口服0.2克,每日3次,1個月為一療程；磷酸氯奎,每日3次,第一次服0.125克,第二,三次服0.25克.用這種方法服1周后,從第二周開始,每次0.25克,每日2次,第三,四周每天只服0.25克,4周為一療程；還可用維生素B12,每次100毫克,每日1次肌肉注射.一個療程為30天.此外,保持健康的心理狀態,對治療扁平疣也十分重要.即使患了扁平疣,也要心情舒暢,加上有效的中西醫結合治療,一定會使扁平疣得到治愈

物理療法：有CO2激光,液氮冷凍,電灼,微波等,

冷凍或者激光均可建議冷凍冷凍一般不留疤痕

扁平疣是由人類乳頭瘤病毒（HPV）引起的皮膚上突出的病變，所以治愈關鍵在于清除病毒。而藥物很難將病毒清除干凈。賽諾秀雙波長血管治療技術徹底祛除扁平疣不易留疤痕。