生殖器皰疹的治療措施局部療法：原則為干燥、收斂、保護患部，防止繼發感染。可外涂2%龍膽紫溶液，或選用10%次沒食子酸鉍（代馬妥dermatol）、氧化鋅油膏或泥膏、紫草生地榆油膏、0.5%新霉素軟膏、或0.25%~0.1%皰疹凈（IDU）軟膏、5%皰疹凈二甲基亞砜溶液（用于皮膚皰疹）等。對顏面部者亦可用10%醋酸鋁或鋅銅合劑。全身治療：治療原則其一使感染的HSV不能活化，甚至消滅病毒；其二調節免疫，防止再發，可用阿昔洛韋靜滴或口服，麗珠威口服，干擾素肌注，白細胞介素Ⅱ肌注。我們在治療復發性生殖器皰疹時，使用四醫大生物技術中心產的干擾素300萬單位肌注，每日一次，10次為一療程，共三個療程，適當配合使用白細胞介素Ⅱ或利百多或靈桿菌素，95%的病人不復發。

復發性生殖器皰疹患者往往具有勞累、心理焦慮等情況，因此在積極抗病毒治療的同時，可給予一些健脾利濕、清熱解毒和養肝滋腎、滋陰清熱的中藥，如參苓白術散和知柏地黃丸等，對部分患者有效。