不同種屬厭氧菌對抗菌藥物的體外活性見表1，而臨床上幾乎總是有效的抗厭氧菌藥物是甲硝唑(除外某些非產芽孢革蘭陽性球菌)、氯霉素、亞胺培南、β-內酰胺類/β-內酰胺酶抑制劑，而通常有效的主要有克林霉素、頭孢西丁、頭孢替坦、頭孢美唑、抗假單胞菌青霉素。目前，用于經驗性治療，青霉素仍被作為治療厭氧菌肺炎的首選藥物。采用大劑量600萬～1000萬U/d靜脈滴注。Levison就克林霉素與青霉素治療肺膿腫療效進行前瞻性研究，結果治療失敗人數、復發人數、平均發熱和咳膿臭痰的持續時間等方面，克林霉素均優于青霉素。因此，克林霉素亦可作為最初治療的首選藥物，特別是青霉素過敏或病原學確定為耐青霉素細菌感染時。甲硝唑(滅滴靈)對各種厭氧菌均有良好殺菌作用，MIC大多小于0.2μg/ml。甲硝唑0.4～0.6g，3～4次/d，口服;或1.5g/d靜脈滴注，治療肺部厭氧菌感染效果良好。但在一組單用甲硝唑治療的28例患者中，12例(43%)治療失敗，故甲硝唑通常聯合其他藥物(青霉素、克林霉素)。頭霉素類和碳青霉烯類抗生素在重癥患者可選用。抗菌治療療程在無并發癥的厭氧菌肺炎為2～4周，壞死性肺炎或肺膿腫為6～12周。

治療　　　　不同種屬厭氧菌對抗菌藥物的體外活性見表1，而臨床上幾乎總是有效的抗厭氧菌藥物是甲硝唑(除外某些非產芽孢革蘭陽性球菌)、氯霉素、亞胺培南、β-內酰胺類/β-內酰胺酶抑制劑，而通常有效的主要有克林霉素、頭孢西丁、頭孢替坦、頭孢美唑、抗假單胞菌青霉素。目前，用于經驗性治療，青霉素仍被作為治療厭氧菌肺炎的首選藥物。采用大劑量600萬～1000萬U/d靜脈滴注。Levison就克林霉素與青霉素治療肺膿腫療效進行前瞻性研究，結果治療失敗人數、復發人數、平均發熱和咳膿臭痰的持續時間等方面，克林霉素均優于青霉素。因此，克林霉素亦可作為最初治療的首選藥物，特別是青霉素過敏或病原學確定為耐青霉素細菌感染時。甲硝唑(滅滴靈)對各種厭氧菌均有良好殺菌作用，MIC大多小于0.2μg/ml。甲硝唑0.4～0.6g，3～4次/d，口服；或1.5g/d靜脈滴注，治療肺部厭氧菌感染效果良好。但在一組單用甲硝唑治療的28例患者中，12例(43%)治療失敗，故甲硝唑通常聯合其他藥物(青霉素、克林霉素)。頭霉素類和碳青霉烯類抗生素在重癥患者可選用。抗菌治療療程在無并發癥的厭氧菌肺炎為2～4周，壞死性肺炎或肺膿腫為6～12周。引流對于厭氧菌肺部感染出現化膿性并發癥者十分重要。體位引流有助于痰液排出。纖維支氣管鏡有時亦被用于肺膿腫痰液吸引。內科保守治療無效或懷疑有腫瘤者為外科手術適應證，有10%～20%肺膿腫患者需手術治療。臨床中毒癥狀明顯、外科手術危險性大或不能耐受者，可借助介入放射學技術經皮膿腔穿刺引流。膿胸應作肋間切開引流，引流無效需行胸膜剝脫術。