病變區清創，除去病原微生物促進藥物穿入且用于取材實驗室檢查，清創后潰瘍面用5%碘酊燒灼或涂1%甲紫后生埋鹽水沖洗每日一次，連續3～5天。　　抗阿米巴藥物，原則上聯合用藥沖擊治療　　雙胍類陽離子消毒劑為首選藥。洗必泰能絡合棘阿米巴細胞內磷分子如ATP、核酸阻斷DNA功能；吸附細胞膜的磷分子致胞質漏出，改變包囊壁滲透性，破壞孔膜完整性促藥物通透，洗必泰體外藥物實驗可迅速使棘阿米巴失活。　　另為0.02%聚六亞甲雙胍（PHMB）其平均最小殺滋養體包囊濃度同洗必泰，目前已公認以上兩種眼藥水是治療本病的最適宜藥物。　　芳香二脒類：0.1%羥乙磺酸丙氧苯脒滴眼液　　0.2%甲硝唑葡萄糖滴眼液，0.4%替硝唑滴眼液對棘阿米巴也有一定的殺滅作用　　氨基糖苷類：0.5%～1%新霉素，1%巴龍霉毒能作用于滋養體胞膜改變其通透性，對包囊作用差　　咪唑類：文獻報道0.2%伊曲康唑滴眼液，1%克霉唑，0.2%氟康唑等作用，僅作為支持療法，臨床療效尚待驗證。　　0.2%洗必泰或0.02%PHMB聯合0.2%甲硝唑，或者0.4%替硝唑及0.5%～1%新霉素滴眼液每1/2～1小時頻繁滴眼沖擊治療。5-7日后依病情逐漸減滴藥次數，由于原蟲可移行造基質層，包囊存活較久，炎癥退行后仍需長時間局部用藥隨診，總診程不少于6個月。急性炎癥時除局部用藥外可服用甲硝唑或靜點甲硝唑，必要時結膜下注射0.2%-0.5%甲硝唑或口服伊曲康唑。　　抗炎藥物：吲哚美辛可緩解癥狀，實踐證明地塞米松處理滋養體可活化蟲體促其增生，促包囊出囊，增強其致病性，在原蟲感染未控制之前嚴禁使用激素。　　擴瞳：阿托品治療虹睫炎，降眼壓醋氮酰胺　　手術：急性炎癥期應首先以藥物控制感染，安靜眼手術效果優于炎癥眼，如藥物治療不能有效控制感染，病變面積繼續擴大或潰瘍達基質深層行將穿孔時，應在藥物治療基礎上行治療性角膜移植，根據病變范圍、深度決定穿透性或板層角膜移植，本病角膜移植的常見原因是殘留的棘阿米巴活化感染復發和植后排斥反應，術后繼續口服抗阿米巴藥物，隨診半年以上。

治療　　1.藥物治療目前常用的藥物有如下幾類：　　(1)陽離子防腐劑：體外試驗表明陽離子防腐劑有很強的殺滅棘阿米巴滋養體及其包囊的作用，其作用機制是干擾了膜的功能。臨床上無論是作為首選用藥，還是在其他藥物治療失敗的情況下，都顯示了良好的療效。目前常用的是0.02%的氯已定(chlorhexidine)和0.02%的聚六甲基雙胍(polyhexamethylbiguanidePHMB)，對角膜上皮沒有明顯的毒性作用。　　(2)芳香族雙脒：芳香族雙脒(Aromaticdiamidines)類藥物可以抑制棘阿米巴DNA的合成，對滋養體和包囊均有效。這類藥物是應用最早的、能有效控制阿米巴角膜炎的藥物，與陽離子防腐劑具有協同作用。陽離子防腐劑能夠破壞膜的功能，有利于芳香族雙脒類藥物進入蟲體發揮作用。二者聯合使用，是目前最常用的治療方案。常用的有0.1%普羅帕脒，0.15%依西雙溴丙脒。但長時間應用對角膜組織可產生藥物毒性反應。體外試驗證實，二甲基亞砜可增加藥物對包囊的穿透性，明顯加強普羅帕脒的殺滅包囊的作用。　　(3)氨基糖苷類抗生素：巴龍霉素和新霉素與芳香族雙脒類藥物合用，可進一步提高療效。新霉素具有類似洗必泰和PHMB的作用，可以破壞棘阿米巴的外膜，促進芳香族雙脒類藥物進入蟲體發揮作用，但對包囊無效。應用過程中也應注意其毒性作用，避免長期使用。　　(4)咪唑類：咪唑類可以影響棘阿米巴細胞壁的穩定性，在治療過程中起到輔助作用，單獨用藥往往無效。藥物主要包括克霉唑、氟康唑、酮康唑、伊曲康唑和咪康唑等。　　(5)糖皮質激素：在抗棘阿米巴治療的同時，是否應用糖皮質激素，目前尚有爭議。在體外試驗中，糖皮質激素能夠抑制棘阿米巴的包囊形成和脫囊過程，有利于角膜炎的治療。但在動物試驗中，此過程沒有得到證實，相反，應用糖皮質激素可加重角膜的浸潤和基質中膠原組織的壞死。因此，除非合并有鞏膜炎或葡萄膜炎，對于糖皮質激素的使用應該慎重。　　藥物治療應采用聯合用藥的方式