月經第三十天確認懷孕，隨后生殖器皰疹復發且患有約三厘米的巧克力囊腫，這種情況較為復雜。皰疹病毒可能存在傳染胎兒的風險，而巧克力囊腫若選擇流產，也可能對后續懷孕產生影響。包括皰疹病毒的傳播途徑、對胎兒的潛在危害，巧囊與懷孕的關系、流產的影響等。 1. 生殖器皰疹：生殖器皰疹由單純皰疹病毒引起，懷孕時復發，病毒有可能經胎盤或產道傳播給胎兒，增加胎兒畸形、早產等風險。 2. 胎兒風險：若病毒傳染給胎兒，可能導致胎兒發育異常，如小頭畸形、智力障礙等。 3. 巧克力囊腫：巧克力囊腫是子宮內膜異位癥的一種，會影響受孕。 4. 流產影響：流產手術可能引起宮腔粘連、輸卵管堵塞等，降低后續受孕幾率。 5. 治療選擇：對于生殖器皰疹復發，需密切監測，必要時在醫生指導下謹慎用藥。巧囊的治療則需綜合考慮病情和生育需求。 總之，這種情況需要孕婦及時就醫，與醫生充分溝通，權衡利弊，制定合適的治療和生育方案，以最大程度保障母嬰健康。

目前的癥狀還是可以試試抗病毒治療還是很必要的，要注意的，暫時不適宜要孩子的