男性生殖器皰疹在龜頭、冠狀溝、尿道口、陰莖、陰囊等處。生殖器皰疹臨床表現中可分為原發和復發兩種，原發指首次感染病毒，一般從接觸到發病約2～10天，也就是潛伏期，患病部位現有燒灼感，很快在紅斑基礎上發生3～10個成群的紅色丘疹，伴有瘙癢，丘疹很快變成小水皰，3～5天后變為膿包，破潰后形成大片的糜爛和潰瘍，自覺疼痛，最后結痂愈合。

在早期，多數患者一般無癥狀。損害大小及形狀不等，可僅為數個，亦可為多數針頭樣大的損害。在陰肛部可長成大的腫瘤樣物，有壓迫感;有惡臭味;有時小的生殖器皰疹可出現陰部痛癢不適，病人可出現尿血和排尿困難;直腸內生殖器皰疹可發生疼痛、便血，而直腸內大的生殖器皰疹則可引起里急后重感。 患者生殖器部位有燒灼感，出現紅斑，隨后在紅斑基礎上出現成簇分布的小水皰，幾天后可以發展為膿皰，逐漸破潰，糜爛潰瘍，患者自覺劇烈疼痛。男性發病多位于龜頭、冠狀溝等處，有時可并發尿道炎。多數患者有并發癥狀如雙側腹股溝淋巴結腫大。

在早期，若是癥狀表現不明顯的生殖器皰疹，會出現外陰瘙癢，灼痛或性交后疼痛等不適癥狀。多發性鱗狀上皮增生，一開始是散在或者是簇狀增生粉色、白色小乳頭狀的疣，柔軟，有細指樣突起。增大之后呈雞冠狀、菜花狀、桑葚狀。