可以考慮中醫保守治療方案，在減小腎臟的同時，還對受損腎功能有很好的修復作用，可以達到從“本”的治療，不易反復。建議使用腎囊消腫方，在服藥的同時多注意休息，避免劇烈的體力勞動，飲食注意過咸、不吃辛辣刺激的食物。手術治療一般只能緩解一時之苦，將較大的腎囊腫消除，一旦大的囊腫被消除，就會給小的囊腫空出更大的生長空間，造成惡性循環。

單純性腎囊腫生長緩慢，對于一般情況良好，無特殊不適癥狀的患者，一般無需特殊治療，但應定期復查。囊腫大于5厘米以上或(和)有癥狀時需治療，治療方法有以下幾種。
(1)B超引導下囊腫穿刺引流：先用B超確定囊腫的大小、位置、深度以及穿刺的方向，然后在B超引導下將特殊的穿刺針插入到囊腫內，先抽出囊液，再往囊腫內注入一定量的硬化劑(如無水酒精等)，沖洗囊腔，最后保留一部分硬化劑在囊腫腔內。這樣做可以把囊壁破壞掉，使其不再產生囊液，還可以使其形成粘連，防止囊腫復發。經過這樣的治療，囊腫能縮小甚至消失。
(2)應用腹腔鏡進行囊腫去頂減壓：在腹壁做三個小切口，應用腹腔鏡及相關的器械切除一部分囊腫的壁，以引流囊壁所產生的囊液。雖然手術創傷較小，但仍需全身麻醉，目前由于B超引導下穿刺技術發展成熟，這種手術方法已逐漸減少。
(3)開放手術：對于反復感染、并發嚴重結石、嚴重血尿或有惡變時，可考慮囊腫或腎切除術。
另外，如出現腎盂腎炎應想到囊腫感染的可能，常用喹諾酮類藥物如左氧氟沙星或復方磺胺甲嘿唑，2周為一療程。腎區疼痛明顯時可用止痛藥物，但不要長期大量服用，因為止痛藥物可能造成腎臟損害。如疼痛持續甚至加重，應至醫院就診，排除感染或出血可能。