當前對于乙肝的治療，較理想的結果是病毒復制轉陰，肝功恢復正常，不導致對肝細胞的進一步傷害且降低傳染性，沒有藥物或醫學辦法可達到乙肝表面抗原轉陰，感染后痊愈的病人主要是靠自身免疫力自愈的。

乙肝病毒感染一般可分為一過性感染和慢性持續性感染。如果是較大兒童(7歲以上）或成年人感染了乙肝病毒，不管是無癥狀但能產生特異性免疫應答的隱性感染，還是有癥狀的顯性感染（表現為急性肝炎），其中絕大部分感染者為一過性感染，他們體內的乙肝病毒最終將會被徹底清除，只有極少數感染者成為慢性乙肝病人或慢性乙肝病毒攜帶者。由于急性感染多呈自限性經過，所以其治療并不復雜。急性肝炎的治療包括合理的休息、適當的營養和必要的藥物，以休息和營養為主，用藥種類不宜太多，以免加重肝臟負擔，一般也不用干擾素等抗病毒藥物。至于隱性感染，多數難以發現，往往不知不覺之中病毒已經清除了，并且獲得了特異性免疫力。不管隱性感染還是顯性感染，機體在清除病毒過程中產生的特異性免疫力都對機體有保護作用，能夠抵御乙肝病毒對機體的再次侵襲。不管是慢性乙肝病毒攜帶者還是慢性乙肝病人，體內病毒自然陰轉的可能性都很小，即使再加上藥物、免疫壓力等因素的作用，其E抗原陰轉的幾率也不過在10%-30%之間（有些報道略高些），表面抗原陰轉的可能性更小，低于10%，核心抗體幾乎不陰轉。即使出現了E抗原陰轉，還要區分是自然陰轉還是變異陰轉（這種區分非常困難），因為E抗原的變異陰轉并非好事，這種變異可使乙肝病毒逃避免疫監視，從而影響肝炎的預后。當然，自然陰轉比較理想，可使宿主傳染性降低或消失，病情趨于穩定。但總的說來，慢性持續性感染、主要是慢性乙型肝炎的治療是迄今未解決的難題，過去有一些報道可能要比實際療效高許多。正如一位肝病專家所言，如果把這些年來人們聲稱已經治好的肝炎病人數加起來，可能早已超過了我國肝炎病人的總數。至于慢性乙肝病毒攜帶者，不論采用什么方法，其清除率更低。面對這種情況，在治療乙肝病毒持續性感染時，應從抗病毒、機體免疫調節等多方面采取措施。在這些措施中，關鍵是抗病毒治療。目前抗病毒治療的有效藥物是干擾素、核苷類似物（如拉米夫丁），至今還沒有其它藥物的療效能與之相比。但當前抗病毒治療的終點并非徹底清除病毒、使乙肝病毒的各項血清標志物轉陰，而是持續抑制病毒復制，使肝臟炎癥緩解，阻止肝纖維化進程，并使宿主傳染性降低。因為即使是療效較好、價格昂貴的干擾素、拉米夫定，也達不到使大部分感染者完全清除病毒的目的。目前國內外關于乙肝的療效標準，均無乙肝病毒陰轉這一項。由此可知，對于乙肝病毒的慢性持續性感染而言，病毒的徹底清除殊非易事；而病毒得不到徹底清除，所謂“根治”也就無從談起。綜上所述，由于乙肝病毒感染的類型不同，其預后也不同。對乙型肝炎我們提倡科學的規范化治療，目前醫學界已經積累了豐富的治療經驗，一般都能達到較理想的療效（絕大部分可以達到臨床治愈）。但我們也必須正視治療中的困難，對于醫生來說，不可不分具體情況輕言“根治”，而乙肝患者也不要輕信“根治”的神話。