菌血癥是一種嚴重的感染性疾病，其治療效果受多種因素影響，包括感染菌種、患者基礎健康狀況、治療及時性、治療方法和有無并發癥等。身體不適時，要及時看醫生，根據醫囑進行治療，切勿自己胡亂用藥。
1.感染菌種：不同菌種對藥物敏感性不同，影響治療效果。
2.患者基礎健康狀況：如免疫功能、有無基礎疾病等，健康狀況差則效果可能不佳。
3.治療及時性：早期診斷和治療通常能提高效果。
4.治療方法：合理選擇抗生素及綜合治療措施很關鍵。
5.有無并發癥：出現心內膜炎等并發癥會降低治療效果。
總之，菌血癥的治療效果因人而異，及時規范治療有助于提高治愈率。

外科手術或內置性靜脈插管或導尿管相關性短暫的菌血癥常不易測知，一般不必治療。但若患者有瓣膜性心臟病，血管內假體或接受免疫抑制劑，則應預防性應用抗生素以預防發生心內膜炎。較為嚴重的菌血癥的預后取決于兩個決定因素：首先取決于迅速而徹底的查明感染源；第二是取決于原有的疾病及其伴隨的功能障礙等情況。創傷性內置物，特別是靜脈內和尿路內插管應迅速清除。在獲取革蘭染色和細菌培養等化驗標本后，應立即按經驗給予抗生素治療。某些病例（如內臟破裂，子宮肌層炎伴膿腫，腸或膽囊壞疽）必須手術治療，大的膿腫必須切開引流，壞死組織應清除。因肺，膽道或尿路感染而使菌血癥持續不退者，若無梗阻及膿腫形成，一般用抗生素治療通常可獲成功。若為多器官衰竭，常發現有多種細菌（多菌種性菌血癥）則預后不佳。延誤抗生素治療或外科治療者，死亡率明顯增加。