生殖器和肛周為好發部位，多見于包皮、系帶、冠狀溝、龜頭、尿道口、陰莖體、肛周、直腸內和陰囊，多見于大小陰唇、后聯合、前庭、陰蒂、宮頸和肛周。偶可見于陰部及肛周以外的部位，如腋窩、臍窩、口腔、乳房和趾間等。陰道炎和包皮過長是尖銳濕疣發生的促進因素。

損害初起為細小淡紅色丘疹，以后逐漸增大增多，單個或群集分布，濕潤柔軟，表面凹凸不平，呈乳頭樣、雞冠狀或菜花樣突起。紅色或污灰色。根部常有蒂，且易發生糜爛滲液，觸之易出血。皮損裂縫間常有膿性分泌物郁積，致有惡臭，且可因搔抓而引起繼發感染。本病常無自覺癥狀，部分病人可出現異物感、痛、癢感或性交痛。直腸內尖銳濕疣可發生疼痛、便血、里急后重感。

指HPV感染后在臨床上肉眼不能辨認，但以醋酸白試驗（用5%醋酸溶液涂抹或濕敷后發現局部發白）、組織病理或核酸檢測技術能夠發現HPV感染的證據。