亞臨床甲減通常無癥狀，然而約30%的患者表現出某些癥狀，仍可提示亞臨床甲減的存在，如皮膚干燥(28%)，記憶力差(24%)，反應遲鈍(22%)，肌無力(22%)，疲乏(18%)，肌肉抽筋(17%)，畏寒(15%)，眼瞼水腫(12%)，便秘(8%)，聲音嘶啞(7%)，因手術，放療等原因所致的甲減一般無甲狀腺腫大，而其他原因所致者常伴甲狀腺腫大，值得注意的是，癥狀與甲狀腺激素間存在劑量依賴效應。1.神經行為異常和神經肌肉功能紊亂如抑郁，記憶力下降，認知障礙和多種神經肌肉癥狀等在亞臨床甲減患者中多有發生，還可表現為骨骼肌異常，包括血清肌酸磷酸激酶(CPK)和乳酸升高等，盡管甲狀腺功能正常，亞臨床甲減的孕婦的后代智力發育仍然減慢。2.對心肺功能的影響心肌密度測定發現心肌存在異常;靜息和運動狀態下，亞臨床甲減患者的心肌收縮和舒張功能輕微受到影響;在運動負荷下，心輸出量，大動脈最大流量等下降，肺功能測定表現為肺活量下降等，亞臨床甲減對心肺功能的影響較輕微，雖然與甲狀腺功能正常者相比有差異，但是重要的是，這種差異是否產生嚴重的臨床損害。3.心血管疾病的危險因素由于亞臨床甲減往往伴有血清總膽固醇(TC)和低密度脂蛋白膽固醇(LDL-C)升高，以及高密度脂蛋白膽固醇(HDL-C)降低，被廣泛地認為是心血管疾病的危險因素，有研究發現，TSH水平每升高1mU/L，TC升高0.09～0.16mmol/L，而TSH與LDL-C的關系在胰島素抵抗的患者中更加密切，亞臨床甲減患者可表現為血管內皮功能異常，如血流介導和內皮依賴的血管舒張功能受損，最新的研究發現，亞臨床甲減患者大動脈硬化和心肌梗死的患病率較高。