本病有自限性約1-2周即可自愈。治療的目的是防止下次復發。本病目前尚無特效藥物治療原則為縮短病程，防止繼發感染，減少復發。局部療法：原則為干燥收斂、保護患部，防止繼發感染可外涂2%龍膽紫溶液，或選用10%次沒食子酸鉍（代馬妥dermatol）、氧化鋅油膏或泥膏紫草生地榆油膏、0.5%新霉素軟膏、或0.25%~0.1%皰疹凈（IDU）軟膏5%皰疹凈二甲基亞砜溶液（用于皮膚皰疹）等。對顏面部者亦可用10%醋酸鋁或鋅銅合劑。

全身治療：治療原則其一使感染的HSV不能活化甚至消滅病毒；其二調節免疫，防止再發，可用阿昔洛韋靜滴或口服麗珠威口服，干擾素肌注，白細胞介素Ⅱ肌注我們在治療復發性生殖器皰疹時，使用四醫大生物技術中心產的干擾素300萬單位肌注，每日一次10次為一療程，共三個療程，適當配合使用白細胞介素Ⅱ或利百多或靈桿菌素95%的病人不復發。

生殖器皰疹是由于生殖器皰疹病毒感染所導致的，因為病毒導致皰疹蘊浮與肌表，所以除了外用藥物去皰疹以外，抗病毒調節免疫也是非常必要的，因為皰疹的出現與機體免疫調節紊亂也有很大的關系