急性腎盂腎炎的診斷 根據全身表現、尿路系統癥，尿白細胞數增多，尿細胞檢查陽性，診斷不難確定。但需與急性下尿路感染特別是膀胱炎相鑒別，因二者治療原則不同，預后也不同，下述可資鑒別： (1)尿中抗體包裹細菌檢查陽性者，多為腎盂腎炎。陰性者多為膀胱炎。 (2)膀胱滅菌后的尿標本細菌培養陽性者為腎盂腎炎，陰性者多為膀胱炎。 (3)參考臨床癥狀，有發熱(>38攝氏度)或腰痛，腎區叩擊痛或尿中有白細胞管型者，多為腎盂腎炎。 (4)經治療癥狀消失后，六周內復發者多為腎盂腎炎，或經單劑量抗菌藥治療無效或復發者多為腎盂腎炎。

慢性腎盂腎炎的診斷可依據 (1)尿路感染病史在1年以上，而且持續有細菌尿或頻繁復發者。 (2)經治療癥狀消失后，仍有腎小管功能減退者(如腎濃縮功能差、尿比重低、酚紅排泄率下降等)。 (3)X線造影證實有腎盂腎盞變形，腎影不規則甚至縮小。若缺乏這些明顯的證據，要確診則比較困難。

腎盂腎炎鑒別診斷 (1)腎、泌尿道結核是結核桿菌引起的腎臟和泌尿道感染。癥狀、體征、尿改變都可與慢性腎盂腎炎相似，其區別點是腎、泌尿道結核時尿路刺激癥狀明顯，尿沉渣涂片可找到抗酸桿菌(要除外尿垢桿菌污染)，尿普通細菌培養陰性而結核桿菌培養陽性，尿亞硝酸還原試驗陰性。X線檢查有時可見腎區有結核病灶鈣化影或有蟲蝕樣組織缺損區(干酪壞死灶)。部分腎結核患者可找到肺、腸及腹腔、骨、前列腺、副睪或盆腔結核病灶。 (2)尿道綜合征(UrethralSyndrome)是女性常見的下尿路疾病，有明顯的尿頻、尿急、排尿困難等尿路刺激癥狀，但多無全身表現，無腰痛、無上輸尿管點、肋腰點壓痛，無腎區叩痛，中段尿檢查白細胞數不增多或稍增多(一般<10個/HP)多次尿細菌培養菌落數<10×107/L(105/ml)，癥狀經2-3天后逐漸消失，但卻容易復發，該綜合征有一部分可能為病原體感染，另一部分可能為非感染性疾病。 (3)慢性腎小球腎炎慢性腎小球腎炎無明顯尿路刺激癥狀，尿沉渣中白細胞數增多不明顯，無白細胞管型，尿細菌檢查陰性，而尿蛋白含量較多，易引起低蛋白血癥，腎小球功能損害較明顯。腎盂腎炎的尿蛋白量較小，一般在1-2g/24小時以下，而腎小管功能損害較明顯。根據這些特點，兩者鑒別不難。但晚期病例兩者皆可以尿毒癥為主要表現，鑒別有時困難，特別當慢性腎小球腎炎合并尿路感染時，更是如此。這時需詳詢病史和過去表現。結合兩病各自的臨床特點，加以分析、才能判定。若是慢性腎小球腎炎合并感染，經過治療將感染控制后，腎小球腎炎的特點可明顯地表現出來。