耐藥的發生會給乙肝治療帶來多方面的影響，如治療效果不佳、病情反復、增加治療難度、增加醫療成本、可能引發藥物不良反應等。 1.治療效果不佳：乙肝病毒可能持續復制，導致肝功能指標如谷丙轉氨酶、谷草轉氨酶等難以恢復正常，肝臟炎癥和纖維化進展。 2.病情反復：病毒反彈，使原本穩定的病情再次惡化，患者可能出現乏力、食欲不振、黃疸等癥狀。 3.增加治療難度：可能需要更換治療方案，聯合用藥或使用更強效的抗病毒藥物。 4.增加醫療成本：新的治療藥物或聯合治療方案往往費用較高。 5.可能引發藥物不良反應：新的藥物可能帶來不同的不良反應，如頭痛、惡心、皮疹等。 總之，耐藥的發生會嚴重影響乙肝的治療進程和效果，患者應嚴格遵循醫囑用藥，定期復查，以便及時發現和處理耐藥問題。

從藥物上來講，每一種藥物都有一定的耐藥比例。在治療乙肝過程中，核苷類藥物已經使用了10年，隨著用藥時間的延長，發生耐藥的機會也越來越大，比如治療乙肝的常用藥物拉米夫定2年耐藥發生率為46%，替比夫定為22%，阿德福韋為3%，恩替卡韋2年耐藥發生率小于1%。而使用五年之后藥物的耐藥率發生率也會相應增加。慢性乙肝是長期進展性疾病，需要長期治療，如進行核苷類藥物的抗病毒治療，患者至少需要2年的時間，而事實上，88%的患者需要更長的時間。長期治療勢必增加抗病毒藥物耐藥的風險。一種藥物發生耐藥之后，會使得之前的治療效果前功盡棄，醫生不得不換藥或者加藥，如此不僅增加了患者的經濟負擔，而且在這“一換一加”過程中，會降低藥物使用的療效，也增大了未來用藥選擇的難度。 　　更加麻煩的是，由于耐藥可以造成患者病毒反彈、轉氨酶升高等病情反復，患者發展為肝硬化、肝癌等嚴重并發癥的風險也會大大增加。可以說，耐藥的患者將會面臨一系列的心理負擔和精神壓力 。患者在最初開始治療的時候，就要盡量選擇抗病毒作用強、耐藥變異低的藥物，以免耐藥帶給患者在治療、心理和生活上的三重危害。在初始治療三個月時就應到醫院進行復查，檢查乙肝病毒水平、肝功能狀況以預測發生耐藥的機會有多大，以便及時預防或者減少耐藥的發生。