基因檢查是一種強大的檢測手段，但不能發現所有的遺傳問題。遺傳問題的復雜性、基因的多樣性、檢測技術的局限性、環境因素的影響以及疾病的多因素性等，都會影響基因檢查的結果。 1. 遺傳問題的復雜性：許多遺傳疾病的發病機制尚未完全明確，基因之間的相互作用和調控網絡復雜，難以通過現有的基因檢查技術全面揭示。 2. 基因的多樣性：人類基因庫龐大，存在大量的基因變異，有些變異的意義尚不明確，可能導致無法準確判斷其與疾病的關系。 3. 檢測技術的局限性：目前的基因檢測技術仍有一定的敏感度和特異性限制，可能會遺漏一些微小的基因改變。 4. 環境因素的影響：部分遺傳問題的表現受到環境因素的觸發或調節，單純的基因檢查無法涵蓋這些外部因素。 5. 疾病的多因素性：很多疾病并非僅由遺傳因素決定，而是遺傳與環境、生活方式等多種因素共同作用的結果，基因檢查不能完全反映這些綜合因素。 總之，基因檢查在遺傳疾病的診斷中具有重要作用，但不能期望它能發現所有的遺傳問題。對于遺傳相關的健康問題，應綜合多種檢查手段和臨床評估來進行判斷。

目前臨床使用的基因檢測都是具有針對性的檢測，所以就必須要知道目的基因是什么，甚至要知道是這個基因哪種形式的突變，才有可能針對該基因進行檢測，這與染色體檢查是不同的。希望通過一項檢測“掃描”全部基因的方法是不存在的。