1、病毒培養 自水皰底取標本，女性還可從宮頸部位取材，作組織培養分離病毒，此法敏感，結果特異，為診斷的金標準。但此法所需技術條件高，從接種到作出鑒定所需時間為3～5天。培養的陽性率為60%～90%。因此培養陰性不能除外生殖器皰疹。 2、直接檢測病毒抗原 皮損處細胞涂片，用標記的特異抗體作直接免疫熒光檢查。也可用免疫過氧化酶法，酶聯免疫吸附法(ELISA)等方法。其敏感性可達到培養法的80%。

生殖器皰疹的確診需要綜合多方面因素，包括癥狀表現、實驗室檢查、病史詢問、體格檢查、病毒培養等。 1. 癥狀表現：生殖器部位出現群集性小水皰，皰壁薄，易破潰形成糜爛或淺潰瘍，伴有疼痛、瘙癢等癥狀。 2. 實驗室檢查：通過聚合酶鏈反應（PCR）檢測病毒 DNA，血清學檢測單純皰疹病毒抗體，以及細胞學檢查等。 3. 病史詢問：了解患者是否有不潔性行為、性伴侶是否感染等情況。 4. 體格檢查：觀察生殖器部位的皮損特點、分布范圍，檢查淋巴結是否腫大。 5. 病毒培養：從水皰液中分離培養出單純皰疹病毒，但該方法敏感性較低。 總之，生殖器皰疹的確診需要綜合多種方法，患者如果懷疑自己感染，應及時到正規醫院的皮膚科或性病科就診，以便盡早明確診斷，接受規范治療。