HSV-2感染主要發生于生殖器部位，患部先有燒灼感，很快在紅斑的基礎上發生成群的小水皰，多見男性包皮、龜頭、冠狀溝、陰莖等處，偶見于尿道;本病一般經過3周左右可以痊愈，但常有反復發作，一般原發疹后1-4個月內復發，癥狀較原發者輕，范圍亦小，局限于生殖器部位，有時僅有1-2個皰疹，病程亦短，自發病至愈合8-12天。本病也可伴有生殖器以外部位的感染，如口唇、臂部及中樞神經系統等。

皮損為紅斑基礎上可見成群的水皰或膿皰或成糜爛及潰瘍。皮膚病變也可出現在口唇、手指、臀部、大腿、手臂，甚至眼部與咽喉。并發腦膜炎或橫貫性脊髓炎，一般于發疹后3-12天出現頸項強直等顱內壓增高的現象。

潛伏感染和復發：HSV感染人體后1周左右，血中出現中和抗體，3-4周達高峰，可持續多年，這些抗體能清除病毒和使機體康復，但大多數個體不能有效消滅病毒，也不能阻止復發，病毒以潛伏狀態長期存在宿主體內。不同亞型HSV感染者急性首發生殖器皰疹的臨床過程相似，但生殖器病變復發率不同，首發HSV-2感染者約90%，在12個月內會出現一次復發(平均復發4次)，而初次感染HSV-1者僅50%出現類似復發(平均復發次數小于1)。不同個體及同一病人一生中生殖器HSV-2感染的復發率變化很大，大多數年復發5-9次，一般在原發皰疹消退后1-4個月內發生，有些患者受到促發因素，如發熱、月經、日曬、寒冷、某些病毒感染等的影響而復發，其特點是每次復發往往發生在同一部位，復發前可有前驅癥狀如局部瘙癢，發疹前數小時感染部位有灼燒，麻刺感。