生殖器皰疹原發損害是1個或多個小而瘙癢的紅丘疹，迅速變成小水皰，3-5天后可形成膿皰，破潰后形成糜爛、潰瘍、結痂，伴有疼痛。皮損單發或融合，男性好發于龜頭、冠狀溝、陰莖體或尿道口，女性多在陰唇、肛周或陰道發疹，約 90%同時侵犯子宮頸，也可累及直腸粘膜。

生殖器皰疹屬于是性病的一種，這種疾病很可能是因為性生活不潔凈導致，或者不慎接觸了患了此種疾病的人也有可能患上，比如觸碰了在用過生殖器皰疹病毒攜帶著的私人物品，如洗澡的浴缸，毛巾又或者是患者的衣物等私人物品都會被間接傳播。患者患病部位先是有灼熱感，隨后產生成群丘疹，可為一簇或多簇，慢慢的開成水皰。如果不及時治療，幾天之后就會演變為膿皰，破潰后形成糜爛或淺潰瘍，自覺疼痛，后結痂，。

生殖器皰疹的潛伏周期一般是三天到半個月左右。這些皰疹會生長在生殖器和肛門附近，類似于小水皰，四天以內形成潰瘍，患者會感覺到疼痛。同時，腹股溝的淋巴結會腫大，按壓起來也有些疼。患者會出現發燒和無力以及頭痛等全身癥狀，病程一般都是半個月以內。