化療藥通過胎盤影響胎兒的生長發育，進而造成畸形。其作用機制，首先是化療藥物通過胎盤，穿過細胞膜，進行簡單的擴散，化療藥物擴散能力的大小決定于藥物分子大小、極化程度、脂溶性質的高低。然而大多數化療藥物應用到母體后，進入血流，總有一定量的化療藥物輸入胎兒。相當多的抗癌藥還可影響染色體，引起畸胎或流產。化療藥的致畸性與胎兒生長發育階段有關，妊娠早期應用致畸藥，可造成器官結構的異常和缺陷。其后，致畸藥則影響胎兒的生長，發育和器官結構的完全性的問題，特別是大腦的發育，例如抗代謝藥可引起胎兒發育畸形，聯合化療比單藥化療時對胎兒的影響大。因此，對化療的腫瘤病人，主張在妊娠早期行人工流產，在中、晚期妊娠則行引產，以避免胎兒接受化療藥物，導致不良后果。

化療對胎兒是有很大影響的，因為化療用的藥物副作用都是比較大的，對胎兒的發育有影響，這個藥物對寶寶是會有嚴重性的畸形的情況，但是如果孕婦確實是需要化療才能維持生命的，可以在醫生的指導下使用副作用不大的藥物進行化療，以更好的保護母體和胎兒的健康。