重復經顱磁刺激器在臨床上，可以對神經結構產生刺激作用，改善多種臨床癥狀。 1、抑郁障礙。通過重復經顱磁刺激器高頻刺激，可以使大腦皮層興奮性增加，從而改善抑郁障礙。 2、睡眠障礙。通過線圈產生高磁通量磁場無衰減地穿過顱骨，對神經結構產生刺激作用，可以在改善情緒的同時改善睡眠。 3、焦慮障礙。低頻刺激抑制局部神經元活動，可以使皮質的興奮性下降，改善各種強迫癥、社交焦慮癥、驚恐障礙、廣泛性焦慮等癥狀。 4、多種神經系統疾病。通過重復經顱磁刺激器的治療，可以用于改善腦中風、帕金森病等癥狀。 在進行重復經顱磁刺激器的治療時，如果患者顱內有金屬，以及其他異物、患有顱內感染等器質性疾病史、發生急性期的腦外傷、腦出血、腦梗塞的患者，以及具有癲癇病史，或者腦電圖檢查顯示有癲癇樣改變的患者，都不可以使用該方法治療。