病毒性腦炎癥狀多樣，包括發熱、嘔吐、頭痛、驚厥、神志改變等。身體健康為重，一旦感到不適，應及時就醫，避免自行診斷用藥帶來的風險。
1.發熱：體溫升高，多為低熱或高熱。
2.胃腸道癥狀：惡心、厭食、嘔吐。
3.神經系統癥狀：頭痛、畏光、頸項強直。
4.驚厥：肌肉抽搐，可呈全身性或局部性。
5.神志改變：嗜睡、昏迷、認知障礙。
6.顱內壓增高表現：瞳孔大小異常、呼吸異常。
病毒性腦炎癥狀復雜，發現相關癥狀應及時就醫診治。

臨床可分為急、慢性二型，以急性型較多見。(一)急性型起病急，先在咽和口腔粘膜、扁桃體和口角等處出現針尖大小的皰疹，呈圓形或橢圓形，孤立或叢集在一起，很快破裂形成淺潰瘍，表面覆蓋有淡黃色假膜，周圍粘膜呈鮮紅色，伴有畏寒、發熱、咽部灼熱疼痛。嬰幼兒哭鬧不安，拒飲食，頜下淋巴結腫大并有壓痛。(二)慢性型多見于成年人，咽及口腔粘膜出現少數皰疹，破潰后覆有灰白色假膜，四周粘膜淡紅，此愈彼起，持續甚久。咽部及口腔微感灼熱疼痛，無明顯癥狀。