由于本病大多數體積不大、無癥狀，不影響腎功能，且自然變化緩慢或者不會發生什么變化，故一般無需治療，但應每半年至一年復查一次。對直徑超過4厘米比較大的囊腫，可考慮穿刺抽液，然后注入四環素或無水酒精行囊腫硬化治療以防復發。術前需查患者血小板計數、出血、凝血時間，B超定位，在B超探頭指引（介入B超）下行腎囊腫硬化治療。將穿刺針刺入囊腫中央，先抽出囊腫液，最好抽凈，然后注入抽出液量的1/4量的無水酒精，令患者盡可能變動體位，使藥液與囊壁充分接觸，5分鐘后抽出藥液，拔針后觀察，術后1月復查。一般直徑達10厘米時才引起癥狀,嚴重時可能會感到如側腹或背部疼痛,繼發感染時發熱及全身不適,有時還會引起高血壓。

腎囊腫是腎臟內出現大小不等的與外界不相通的囊性腫塊的總稱，常見的腎囊腫可分為成人型多囊腎、單純性腎囊腫和獲得性腎囊腫。成人型多囊腎是一種先天性遺傳性疾病，腎臟實質內充滿數不清大小不等的與外界不相通的圓形囊腫，囊內含有液體，小的肉眼看不到，大的可有數厘米，故稱之為多囊腎。表現為夜尿增多、腰痛、高血壓等。尿檢有血尿、少量蛋白尿，常會緩慢地發展成為慢性腎衰。有10%的人伴有腎結石，30%的人伴有多囊肝。有經驗的醫生借助B超、靜脈腎盂造影可確診。單純性腎囊腫可能是一種先天性異常，是單側或雙側腎及有一個或數個大小不等的圓形與外界不相通的囊腔，多數是單側，故稱單純性腎囊腫。其發病率可隨便年齡增長而增高，50歲以上的人做B超，有50%可以發現這種囊腫。借助B超、CT可確診。獲得性腎囊腫，主要是因尿毒癥或透析治療后才發生的。與年齡無關，而同血液透析的時間有關。腎臟原本沒有腎囊腫，據文獻報道，透析時間超過3年的，大多數病人會出現囊腫。

目前的醫學水平還沒有治療腎囊腫的特效方法。對于小的腎囊腫，無癥狀時不需要做任何治療，但要定期復查，觀察囊腫是否繼續增大。無癥狀者應經常進行尿液檢查，包括尿常規、尿培養，每半年至一年進行一次腎功能檢查，包括內生肌酐清除率。一側腎實質廣泛破壞，對側腎功能正常者，可行腎切除術。

腎囊腫多為良性的。目前尚無治療腎囊腫的特效方法,當囊腫增大出現壓迫癥狀時，及時行穿刺抽液治療以防止腎功能受損。

腎囊腫一搬是種良性病，小的囊腫不會影響腎功能，所以一般來說囊腫小于3cm良性發展沒有什么不適癥狀者不需治療，要定期檢查觀察囊腫的變化。無癥狀的患者應經常進行尿液檢查，包括尿常規、尿培養，每半年至一年進行一次腎功能檢查，包括內生肌酐清除率。由于感染是雙腎囊腫惡化的重要原因，所以若非十分必要，不要進行尿路創傷性檢查。